Greenpeace Indonesia membantah anggapan bahwa organisasinya tidak terdaftar atau beroperasi secara ilegal di Indonesia. Menurut ketua Greenpeace Indonesia, Leonard Simanjuntak, organisasinya tidak perlu terdaftar di Kementerian Luar Negeri, karena bukan yayasan atau ormas asing.
“Greenpeace didirikan oleh seluruhnya warga negara Indonesia dan merupakan sebuah perkumpulan (ormas) Indonesia, sebagai Badan Hukum Perkumpulan Masyarakat Pecinta Lingkungan dan Damai Asia Tenggara – Indonesia (Greenpeace Indonesia),” ujarnya.
Ditambahkan, Peraturan Pemerintah 59/2016 tentang pendaftaran ormas asing tidak mengatur Greenpeace Indonesia. Greenpeace Indonesia terdaftar di Kemenhumkam sebagaimana ormas-ormas Indonesia lainnya. Berdasarkan Akta Pendirian Nomor 01 Tanggal 1 Maret 2006 dan Akta Perubahan Nomor 10 Tanggal 25 Maret 2009. Keduanya dibuat dihadapan Notaris Istiaty Aisyiah Soepono SH, MH di Jakarta, yang disahkan oleh Menteri Hukum dan HAM-RI sebagaimana dalam Surat Keputusan No. AHU-128 AH 01.06. Tahun 2009, tanggal 4 Desember 2009.
Terkait anggapan Greenpeace enggan melaporkan kegiatan maupun sumber pendanaan kepada pemerintah Indonesia, Greenpeace selalu menjunjung nilai transparansi keuangan. Setiap pengeluaran dan pemasukan dilaporkan kepada donatur dan publik umum melalui laporan tahunan. Baca juga Donasi UNICEF dari Pemerintah Australia
Tidak hanya dikirimkan kepada setiap donatur saja, tetapi juga diunggah di situs Greenpeace Indonesia dan juga dalam tahun tertentu, dipublikasikan di iklan media massa. Selain itu, Greenpeace Indonesia juga tertib dan rutin membayar dan melaporkan pajak.
Diakuinya, sejak Greenpeace Indonesia berdiri, organisasi ini tidak pernah menerima dana dari pemerintah, baik pemerintah Indonesia maupun pemerintah negara lain, juga dari perusahaan-perusahaan swasta. Tulang punggung kampanye organisasi adalah donasi publik perorangan, dari para warga masyarakat yang peduli pada kelestarian lingkungan yang disertai langkah stop donasi seperti cara berhenti donasi Unicef.
Sebagai badan hukum, Greenpeace Indonesia rutin memberitahukan perubahan struktur kepengurusan kepada Kemenkumham. Dan sebagai badan hukum yang tunduk kepada Undang-undang Keterbukaan Informasi Publik (UU KIP), Greenpeace Indonesia selalu memperbaharui kegiatan-kegiatan yang dilakukan secara terbuka melalui website, sesuai dengan klasifikasi jenis-jenis Informasi yang dimandatkan oleh UU KIP.